O setor da economia social enfrenta diversos desafios que podem variar de acordo com a sua área de atuação e contexto regional. Algumas das principais dificuldades incluem:
- Financiamento: As instituições geralmente dependem de recursos financeiros para realizar suas atividades, e muitas vezes enfrentam dificuldades em garantir financiamento adequado e sustentável. A concorrência por recursos é alta, e as fontes de financiamento podem ser instáveis, o que pode comprometer a continuidade das suas ações.
- Burocracia e regulamentação: A burocracia e a complexidade dos processos administrativos e regulatórios podem ser um desafio para as instituições. A obtenção de licenças, certificações e a conformidade com as normas podem exigir recursos adicionais e tempo significativo.
- Mão de obra qualificada e retenção de colaboradores: A falta de recursos humanos qualificados pode dificultar o desenvolvimento das atividades da instituição.
- Mudanças nas necessidades sociais: As necessidades sociais estão em constante mudança, e as instituições precisam de se adaptar para atender às demandas emergentes da comunidade. Isso pode requerer flexibilidade e capacidade de inovação.
- Envelhecimento da população: Algumas instituições prestam serviços a grupos vulneráveis, como idosos. O envelhecimento da população e o aumento de problemas de saúde, torna os utentes cada vez mais dependentes pelo que os serviços a serem prestados são cada vez mais específicos, exigentes e desafiadores.
- Riscos de contaminações cruzadas: Prevenir fenómenos de contaminação cruzada é cada vez mais um desafio para as instituições.
- Degradação das infraestruturas: Maior parte das instituições não têm espaços preparados para as necessidades reais dos utentes.
- Consciencialização e sensibilização: As instituições podem enfrentar desafios ao sensibilizar a sociedade sobre as questões com as quais trabalham e a importância do seu papel nos principais problemas sociais.

Superar esses desafios exige a dedicação e o empenho de todos os envolvidos na gestão e operação das instituições, bem como o apoio contínuo da comunidade, das autoridades e dos principais parceiros. É importante o setor investir na capacitação das equipas, na implementação de boas práticas de higienização e ter como principal foco uma gestão eficiente através do controlo de custos com procedimentos mais eficientes e produtivos. O setor tem de ter como princípio mandatário a sustentabilidade financeira, social e ambiental.

Reduzir os custos operacionais é uma abordagem importante para garantir a sustentabilidade financeira da organização e maximizar o impacto social das suas atividades. Aqui estão algumas estratégias para ajudar a alcançar esse objetivo:
- Escolher os produtos de higienização mais adequados de forma a facilitar os procedimentos de limpeza e evitar a propagação de doenças de forma a garantir um ambiente seguro para os utentes e colaboradores da instituição;
- Utilizar os acessórios e equipamentos de limpeza mais eficientes que permitam aumentar a produtividade e melhorar a ergonomia no trabalho;
- Utilizar sistemas de doseamento automatizados que permitam tornar as operações mais eficientes e rentáveis;
- Criar metodologias e procedimentos de higienização;
- Implementar um sistema para controlo de gestão e monotorização das operações;
- Apostar na formação contínua dos colaboradores com um acompanhamento próximo e adaptado à realidade da instituição.